يعد قسم الشؤون المالية احد الأقسام الحيوية في جامعة الزهراوي اذ يتولى إدارة العمليات المالية وضمان الاستخدام الأمثل للموارد بما يحقق كفاءة الأداء والامتثال للأنظمة المالية المعتمدة. 

بدأ القسم عمله منذ تأسيس المؤسسة ككلية عام 2009 حيث كان يقوم بمهام مالية تتناسب مع حجم الكلية آنذاك ومع تحول المؤسسة الى جامعة عام 2025 اتسعت مسؤوليات قسم الشؤون المالية وتطورت هياكله وانظمته لتلبية متطلبات التوسع الاكاديمي والإداري يعمل القسم اليوم وفق رؤية مالية حديثة تعتمد على التخطيط المالي الدقيق والحوكمة الرشيدة وتوفير بيانات مالية شفافة تسهم في دعم القرارات الاستراتيجية للجامعة إضافة الى تعزيز الامتثال للتعليمات الصادرة من وزارة التعليم العالي والجهات الرقابية ذات العلاقة ويضم عدة شعب منها شعبة السجلات شعبة الموازنة والتخيط المالي، شعبة الحسابات والصرف , شعبة الرواتب , شعبة المخازن والتجهيزات, شعبة المشاريع الاستثمارية قد تسنم مسؤولية القسم منذ سنة 2009 ولغاية الان كل من السادة :-

             1-شيماء صالح شعلان (2009-2011)

             2-ماهر رشيد حميد (2011 - 2014)

             3- صالح ناجي سريسح (2014 - 2025) 

             4- كرار عبدالمنعم جعفر  (2025- مستمر)