يُعنى فرع الكيمياء الصيدلانية بدراسة تصميم وتخليق وتحليل الأدوية، مع التركيز على العلاقة بين التركيب الكيميائي والفعالية الدوائية .يهدف الفرع إلى تزويد طلبة كلية الصيدلة بالأسس العلمية والمهارات العملية التي تمكّنهم من فهم آلية عمل الأدوية وتطويرها، بالإضافة إلى دعم البحث العلمي في مجالات اكتشاف الأدوية وضمان جودتها.كما يسهم الفرع في إعداد كوادر صيدلانية وبحثية مؤهلة قادرة على الإسهام في تطوير القطاع الصحي وخدمة المجتمع. يشمل المنهج الدراسي مجموعة من المواد الموزعة على مختلف المراحل الدراسية، حيث يتضمن الكيمياء التحليلية, الكيمياء العضوية,الكيمياء اللاعضوية, الكيمياء الصيدلانية اللاعضوية, الكيمياء الصيدلانية العضوية و التحليلات الصيدلانية المتقدمة ويعتمد المنهج الدراسي على الجمع بين الجانبين النظري والعملي لتعزيز الفهم التطبيقي لدى الطلبة.